証拠金を使用したポジションをオープンしたのですが、残高に反映されていません。

KrakenではFXで取り入れられている方式の証拠金取引を採用しています。つまり実際には通貨両替は行われていないのです。レバレッジを使用した買い注文を出した場合、ビットコインを実際にアカウントに加算するわけではありません。またレバレッジを使用した売り注文を出した場合、ビットコインが実際にアカウントの残高から差し引かれるわけでもありません。損益はポジションが決済されるまで発生せず、決済された時点で損益が残高に反映されます。この損益は基軸通貨(XBT/EUR通貨ペアの場合はXBT)に反映されます。